市地重劃與區段徵收乃政府土地開發之兩種重要手段。惟兩種法律性質迥然不同，前者為視為其原有之土地交換，後者為強制徵收。從其法律性質而衍生之土地增值稅負擔因而有別，比較如下：。
(一)市地重劃：土地所有人以原有土地換得新的土地。因新的土地視為其原有（平§62），無取得可言，亦無移轉可言，故不徵土地增值稅。又，原地價照舊（指由重劃前原地價換算為重劃後原地價，以下同），不徵土地增值稅之效果，等同不課徵土地增值稅。
區段徵收：土地所有人失去原有土地，再取得新的土地（即抵價地）。因區段徵收而失去土地，免徵土地增值稅（土稅§39-1Ⅱ）。
(二)市地重劃：土地所有人所領回之土地，乃延續其原有土地，因此原地價照舊。原地價照舊，表示原地價未更動，故屬於不課徵土地增值稅。
區段徵收：土地所有人所領回之土地（即抵價地），屬於原始取得，而非延續其原有土地。因此，須對新的土地另訂原地價，原地價以實際領回抵價地之地價為準（土稅§30-1③）。
(三)市地重劃：市地重劃後第一次移轉，其土地增值稅減徵40%（土稅§39Ⅳ）。惟市地重劃後，配偶間相互贈與再移轉第三人，雖屬第二次移轉，但稅法有明定其例外（土稅§28-2Ⅱ），故仍得適用減徵40%之優惠。
區段徵收：區段徵收後第一次移轉，其土地增值稅減徵40%（土稅§39-1Ⅱ）。惟區段徵收後，配偶間相互贈與再移轉第三人，因屬第二次移轉，且稅法無明定其例外，故不得適用減徵40%之優惠。
綜上，市地重劃不課徵土地增值稅，且所領回新的土地之原地價照舊；因原地價照舊，日後出售於第三人之土地增值稅較多。區段徵收免徵土地增值稅，且所領回新的土地之原地價採實際領回抵價地之地價；因原地價重新認定，而且較高，日後再出售於第三人之土地增值稅較少，甚至為零。由此可知，就土地增值稅負擔而言，土地所有人參加區段徵收較參加市地重劃有利。
