重複課稅，等同一頭牛剝了兩次皮，對納方而言，非常不公平，故稅制規劃上應儘量避免。如果二種稅目，發生重複課稅情形，可以將先發生之稅目於後發生稅目之「稅基」中減去，稱為扣除；也可以將先發生稅目於後發生稅目之「稅額」中減去，稱為扣抵。
扣除或扣抵之方法有四：
(一)稅基扣除稅基：將先發生稅目之稅基於後發生稅目之稅基中扣除。
例如：土地增值稅與房地合一所得稅皆對不動產資本利得課稅，恐有重複課稅。先課徵土地增值稅，再課徵房地合一所得稅，故將土地增值稅之土地漲價總數額(即土地增值稅之稅基)，於房地合一所得稅之稅基(即房地交易所得)中扣除。
房地交易所得＝交易成交價額－原始取得成本－支付必要費用－土地漲價總數額
(二)稅額扣抵稅額：將先發生稅目之稅額於後發生稅目之稅額中扣抵。
例如：土地增值稅與因重新規定地價所增繳之地價稅皆對地價增漲部分課稅，恐有重複課稅。先課徵地價稅，再課徵土地增值稅，故將因重新規定地價所增繳之地價稅，於土地增值稅之稅額中扣抵(土地稅法第31條第3項稱此種情形為抵繳)。
(三)稅基扣抵稅額：將先發生稅目之稅基於後發生稅目之稅額中扣抵。此種扣抵對納方有利，但對徵方不利。實務上少見。
(四)稅額扣除稅基：將先發生稅目之稅額於後發生稅目之稅基中扣除。此種扣除對納方不利，但對徵方有利。
例如：工程受益費雖稱為「費」，但其性質為「稅」，類似土地增值稅；惟現行稅法未於土地增值稅之稅額中扣抵，而於土地增值稅之稅基中扣除。土地增值稅之稅基為土地漲價總數額，其公式如下：
土地漲價總數額＝申報土地移轉現值－原規定地價或前次移轉時所申報之土地移轉現值×(台灣地區消費者物價總指數÷100)－(改良土地費用＋工程受益費＋土地重劃負擔總費用＋因土地使用變更而無償捐贈作為公共設施用地其捐贈土地之公告現值總額)
稅基扣除與稅額扣抵對納稅義務人之影響不同。茲舉一例說明，設未考慮工程受益費之土地漲價總數額100萬元，工程受益費5萬元，土地增值稅率20%，則採稅基扣除，納稅義務人應繳稅額19萬元；如採稅額扣抵，納稅義務人應繳稅額15萬元。
1.稅基扣除：(100－5)×20%＝19
2.稅額扣抵：100×20%－5＝15
綜上，四種扣除或扣抵方法中，「稅基扣除稅基」與「稅額扣抵稅額」二種符合公平原則；「稅基扣抵稅額」與「稅額扣除稅基」二種不符合公平原則。
